課程資訊
課程名稱
 結構生物學與生物資訊特論
Structural Biology & Bioninformatics 
開課學期
 105-1 
授課對象
 生物資源暨農學院  生物科技研究所  
授課教師
 楊啟伸 
課號
 Biot8003 
課程識別碼
 642ED0040 
班次
  
學分
 3 
全/半年
 半年 
必/選修
 必修 
上課時間
 星期五6,7,8(13:20~16:20) 
上課地點
 生技館212 
備註
 本課程以英語授課。與蔡孟勳合開
限博士班
總人數上限：20人
外系人數限制：15人 
Ceiba 課程網頁
 http://ceiba.ntu.edu.tw/1051Biot8003_ 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
 核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

This is a class integrates the concepts of structural biology and bioinformatics. The basic principles of amino acids and structural biology will be explained first, then the modern methods to resolve atomic resolution of protein structures. The relation of protein structure and function will be emphasized in the third part of this class. Bioinformatics principles, methods and modern developments will be followed. 

課程目標
 1. Understand amino acids and protein structures.
2. Modern approaches to resolve protein structure.
3. Protein structure and function.
4. Software-based analysis of protein sequence.
5. Bioinformatic theories
6. Current developments of bioinformatics methods. 
課程要求
 This class will be taught in English. 
預期每週課後學習時數
  
Office Hours
  
指定閱讀
 Most recent published journal articles. 
參考書目
 1. David Whitford (2005). Proteins : Structure and Function. John Wiley & Sons, Hoboken, NJ. USA.
2. Gregory A. Petsko and Dagmar Ringe (2003). Protein Structure and Function, 4th ed., New Science Press, Waltham, MA.
3. Materials are updated when new developments occur. 
評量方式
(僅供參考)
  
No.
項目
百分比
說明
1. 
 Mid-term 
30% 
  
2. 
 Final exam 
50% 
 Bioinformatic part could composed of presentation, too. 
3. 
 Presentation 
20% 
 In Structural Biology part. 
 
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
 9/16  No class. Happy Moon Festival! 
第2週
 9/23  Introduction to structural biology.
Software for structural biology 
第3週
 9/30  Amino Acids and protein structure.
1. Basic protein structure
2. Amino acids and structure
Protein Structure and Functions 
第4週
 10/7  Protein functional domain and motif 
第5週
 10/14  Modern methods for structural biology (1): PDB display software 
第6週
 10/21  Modern methods for structural biology (2): X-ray diffraction & CryoEM  
第7週
 10/28  BYOC: Bring your own computer; Let's do animation!
Life science and structural biology (1): Cellular functions, Membrane proteins 
第8週
 11/4  Life science and structural biology (2): G-protein system and two components system in <i> E. coli</i>
Show time: Your presentation! 
第9週
 11/11  Oral presentation
Midterm Exam (Final for Structural Biology) 
第10週
 11/18  Introduction of bioinformatics  
第11週
 11/25  Transcriptome: Microarray introduction (1)  
第12週
 12/2  Microarry (2): Data analysis  
第13週
 12/9  NTUMAPs and IPA demostration  
第14週
 12/16  NGS introduction 
第15週
 12/23  NGS partek flow demonstration 
第16週
 12/30  Genetic and population analysis: SNP introduction 
第17週
 1/6  DNA copy number variation 
第18週
 1/13  Final Exam